Σ' ένα ύψωμα του Κιθαιρώνα λίγο πριν από την είσοδο του πανέμορφου χωριού των Βιλίων, βρίσκεται η Ιερά Μονή του Προφήτη Ηλία. Χτισμένη μέσα στο πευκόδασος δένει απόλυτα με το φυσικό τοπίο εκεί πού η ομορφιά της φύσης συναντά μια από τις μοναδικές ομορφιές της Ορθοδοξίας,τον μοναχισμό.
Στο σημείο που χτίστηκε η μονή προϋπήρχε το εξωκλήσι αφιερωμένο στον Προφήτη Ηλία το οποίο χρονολογείται περίπου τον 7ο μ.Χ. αιώνα.Πιστεύεται πως η παρουσία του στην περιοχή συνδέεται άμεσα με την Ιερά Μονή του Οσίου Μελετίου που βρίσκεται σε μικρή απόσταση στην Οινόη Αττικής.
Στα νεότερα χρόνια ο ναός έδειχνε σημάδια εγκατάλειψης αφού λειτουργούσε περισσότερο ως καταφύγιο για τους βοσκούς τους δύσκολους χειμώνες παρά για τις θρησκευτικές ανάγκες των πιστών.Σ' αυτό συντέλεσαν βεβαίως τόσο η δυσβατότητα της περιοχής όσο και η μεγάλη απόσταση από το χωριό των Βιλίων.

Την δεκαετία όμως του 1950-1960 τον Ιερό Ναό του Προφήτη Ηλιού ''ανακάλυψε'' ο μακαριστός Μητροπολίτης Σάμου και Ικαρίας κ. Παντελεήμων Μπαρδάκος που ήδη πολλά χρόνια πριν τον διακατείχε ο ευσεβής πόθος δημιουργίας μιας γυναικείας μονής.
Αξίζει να σημειωθεί,όπως λέγεται, πως ήταν η δεύτερη προσπάθεια δημιουργίας Ιεράς Μονής σε εκείνη την περιοχή.Η πρώτη είχε γίνει αρκετά χρόνια πριν από άνδρες μοναχούς αλλά μετά από πολλές δυσκολίες δεν υλοποιήθηκε ποτέ.
Μετά λοιπόν από χρονοβόρες διαδικασίες που αφορούσαν κυρίως κτηματικές διαφορές,δόθηκε η έγκριση και υλοποιήθηκε το σχέδιο ανέγερσης της Ιεράς Μονής.
Ο Ιερός Ναός του προφήτη Ηλία αποκαταστάθηκε πλήρως διατηρώντας ωστόσο την ταπεινότητα και τον χαραχτήρα ενός μικρού Βυζαντινού ναού με τρούλο που σαν οι αιώνες που πέρασαν δεν τον άγγιξαν στο ελάχιστο.Ταυτόχρονα για τις ανάγκες της Ι.Μονής χτίστηκαν κελιά και βοηθητικοί χώροι.

Μετά από σχεδόν τριάντα χρόνια το πλήθος των πιστών αυξανόταν και ο υπάρχων ναός δεν ήταν δυνατόν να εξυπηρετήσει τις θρησκευτικές ανάγκες των πιστών,ένας άλλος Άγιος έγινε ο δεύτερος προστάτης του Μοναστηριού:Ο Άγιος Νεκτάριος επίσκοπος Πενταπόλεως.
Ο νέος Ιερός Ναός θεμελιώθηκε το 1989 ακριβώς δίπλα από τον Ι.Ναό του Προφήτη Ηλία. Μεγαλύτερος και πιο σύγχρονος ο νέος Ι.Ναός είναι ένα κόσμημα για την Ι.Μονή.
Μέσα στον νέο Ι.Ναό, φτιάχτηκε και ένα παρεκκλήσι προς τιμή του Προφήτη Ελισαίου, μαθητή του Προφήτη Ηλία και συνεχιστή του έργου του.
Σε ειδικές προθήκες φυλάσσονται λείψανα αγίων καθώς και τμήμα από το πετραχήλι του Αγίου Νεκταρίου.Επίσης μέσα στν Ι.Ναό βρίσκεται και ο τάφος του μακαριστού Μητροπολίτη ιδρυτή της Ιεράς Μονής.